Ziel der Gentherapie ist, jenes Gen in den Körper zu schleusen, das die Enzymproduktion steuert, so dass der Körper veranlasst wird, das Enzym selbst zu produzieren. Meist wird das Gen mit Hilfe eines Virus ("Vektor") eingeschleust. Eines der größten Probleme besteht darin, das schädigende Potential des Virus gegenüber der gewünschten positiven Wirkung des Gens zu minimieren.
Im Tierversuch an Mäusen ist es bereits gelungen, Pompe-Symptome aufzuheben. Es ist aber noch viel zu früh, diese Ergebnisse in klinischen Studien auf den Menschen zu übertragen. Immerhin könnte die Gentherapie in der Zukunft eine mögliche Therapie darstellen.